Iman Nazari

Puoi spiegarci la tua ricerca? Quali sono gli obiettivi?

Le sindromi mielodisplastiche (MDS) sono condizioni che possono verificarsi quando le cellule ematopoietiche nel midollo osseo diventano anormali, con una progressione che può portare alla leucemia mieloide acuta secondaria (sAML). Questo processo è influenzato da diversi fattori, come l’espansione clonale, le mutazioni nello spliceosoma, i geni regolatori epigenetici e l’acquisizione lineare di nuove mutazioni. Nel nostro progetto, abbiamo deciso di seguire un’analisi integrativa del profilo mutazionale e trascrizionale, sviluppando un metodo per superare il bias di copertura della tecnologia di sequenziamento ad alta capacità a singola cellula (SC) basata su letture brevi. Combiniamo il sequenziamento a singola cellula con quello a singola molecola (SCM-seq). In breve, utilizziamo una piattaforma di sequenziamento SC basata su gocce (Chromium 10x, kit per l’espressione genica 3’) sia per l’analisi convenzionale dell’espressione genica SC che per ottenere cDNA a lunghezza intera associato a codici a barre cellulari e identificatori molecolari univoci (UMIs). Questi ultimi vengono poi usati come input per il sequenziamento a lunga lettura a singola molecola (Oxford Nanopore Technologies, ONT), che dovrebbe fornire una copertura sufficiente per valutare la presenza di mutazioni precedentemente identificate attraverso il sequenziamento esomico globale (WES). I codici a barre cellulari condivisi forniscono il collegamento tra analisi trascrizionale e mutazionale. Mentre il sequenziamento RNA di massa serve come metodo di controllo per entrambe le analisi trascrizionali SC e a lunga lettura, utilizziamo SCM-seq per scoprire isoforme di splicing e anomalie SC, dato che il sequenziamento a singola molecola è l’unica tecnologia che consente l’analisi diretta di trascritti completamente assemblati.

Finora abbiamo confrontato diversi algoritmi di allineamento per valutare le loro prestazioni sulle letture lunghe (Nanopore). Inoltre, avendo già dati di scRNA-seq per ciascun campione, abbiamo confrontato i dati di letture brevi e lunghe a livello di geni, UMIs e cellule (codici a barre). I risultati hanno mostrato che la profondità di lettura ha un grande impatto sulla correlazione degli UMIs a livello genico tra scRNA-seq e Nanopore scMolecule-seq. Recentemente, abbiamo effettuato l’imputazione del genotipo per 5 geni driver della leucemia che portano mutazioni e abbiamo iniziato a confrontare i trascritti a livello di splicing per osservare l’effetto delle mutazioni in quei 5 geni sugli altri geni.

Da quanto tempo ti occupi di ricerca e come mai sei diventato un ricercatore?

Ho iniziato a fare ricerca molto tempo fa, ma in un altro campo (elettronica e deep learning). Secondo me, la ricerca è il modo in cui possiamo fare un passo avanti nella scoperta di nuovi percorsi.

Di cosa ha bisogno oggi un ricercatore come te?

La prima cosa è l’impegno verso il proprio lavoro. Avere un buon mentore rende più facile andare avanti. Serenità mentale, assenza di problemi sul posto di lavoro, uno stile di vita standard, gioia e felicità sono anch’essi importanti.

Quanto è importante avere fiducia nella ricerca?

La ricerca è la parte più importante della scienza. Senza di essa, non ci sarebbe progresso. Secondo me, dovremmo fidarci della ricerca, poiché ci fornisce una grande quantità di dati utili per fare il passo successivo o prendere decisioni.

Come ci si sente quando si scopre qualcosa di nuovo?

È una sensazione che vorrei provare ancora e ancora ogni volta che inizio un nuovo progetto. È la sensazione migliore nella vita di un ricercatore.

Che ruolo ha la condivisione dei percorsi e dei risultati nella tua vita professionale?

Condividere i risultati è importante perché permette di ottenere idee da altre persone per migliorare i risultati e comprendere il livello attuale della ricerca nel proprio campo.